ラクアでの決戦後、セキエイ学園に戻り学生生活を送るリコ。テラパゴスのパゴゴは力を使い果たしたのか、あれから一度もモンスターボールから出てこない…。そんなリコの元に、ロイがやってくる。ロイはラクリウムの痕跡を見つけたと語り、完全に消滅させるためにはリコの力が必要だと伝えるが─。