ラクアでの決戦から一年。キャプテンピカチュウと共に冒険を続けるロイは、異常な行動をするポケモンの情報を知り、調査する。そこに、ヤミラミを連れた少年・ウルトも現れて…。ロイとウルトが森で目撃したのは、ラクリウムの影響で暴走するケッキング！？消滅させたはずのラクリウムがなぜ─？一方、リコはセキエイ学園に通っており…。