エクスプローラーズの作戦により、ついに姿を現した黒いレックウザ！その強大な力を前に、圧倒されるリコとロイ。けれど、テラパゴスの、そして自分たちの想いを伝えるなら、今しかない─。ポケモンと冒険に出たあの日から、たくさんの出会い、経験をしてきたふたり…。その全てをぶつけるレックウザとのバトルが今、始まる─！！