故障によってカントー地方の離島に不時着することになったライジングボルテッカーズの飛行船。すると、船のポケモン・ホゲータがいつの間にかいなくなってしまっていた。ホゲータを捜すため、島に上陸するリコとニャオハ。一方、離島に住む少年・ロイは、島では見たことがない謎のポケモンを目撃して…！？