ライジングボルテッカーズ解散後、旅を続けるロイ。キャプテンピカチュウと共に、カロス地方のミアレシティを訪れる。そこで出会ったのは、ヤミラミを連れた少年・ウルト─。今明かされるロイとウルトのメガシンカ修行の日々、そして黄色いルカリオとの出会い！！メガ特別編、開幕─！！！！