アメジオの父・クレイブに会いにエクシード社の施設にやってきたリコたち。しかし、待ち構えていたのはエクスプローラーズ！全て彼らが仕組んだ罠だった！？エクスプローラーズによって、捕らわれていた六英雄ポケモンたちが暴走─。六英雄を鎮めるため、リコたちはバトルに挑むが─！？